Theo những người cao tuổi trong thôn Đanh Xá, xưa kia khu vực này là một bãi đất bồi giữa ngã ba sông Đáy. Từ trên cao nhìn xuống nơi này có hình một con rồng đang quặn mình xả nước, chất đầy lau sậy, ban đêm nghe thấy cả tiếng hùm gầm.
Chính vì cái thế đất ấy nên làng Đanh quanh năm lụt lội, dân nghèo khổ đói khát quanh năm. Nhiều người còn bỏ đi nơi khác tìm miền đất hứa với hy vọng đổi đời
Tương truyền trước kia vào thế kỷ thứ bảy, đây là một ngôi đền nhỏ thờ tứ pháp (Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện). Đến thời Lê Huy Tông (1675 – 1750), chùa được xây dựng đàng hoàng và to đẹp hơn.
Một hôm, người già nhất trong thôn nói trong giấc mộng cụ thấy một người con gái trẻ đẹp hiện về truyền rằng dân làng muốn yên ổn làm ăn phải lập đền thờ.
Đền vừa dựng xong được ít lâu, cây mít cổ thụ gần 1.000 tuổi bỗng dưng bị gió quật đổ. Dân làng Đanh lấy gỗ để tạc tượng và làm ngai để thờ người con gái đã về báo mộng cho dân làng.
Chùa Bà Đanh vừa thờ Phật vừa thờ Thánh và có tên là chùa Bà Đanh từ đó. Năm 1994, ngôi chùa nổi tiếng này được Bộ Văn hoá – Thông tin (nay là Bộ Văn hoá – Thể thao – Du lịch) cấp bằng di tích lịch sử cấp quốc gia.
Trả lời câu hỏi tại sao lại có câu nói “vắng như chùa Bà Đanh”, sư thầy Thích Đàm Đam giải thích: “Từ trước tới nay dân làng Đanh đều truyền tai nhau rằng ngôi chùa này rất linh thiêng, ai trái ý hoặc phỉ báng sẽ bị trừng trị… Vì thế khách hành hương thập phương không dám đến.
Mặt khác chùa Bà Đanh ở một vị thế vắng vẻ không tiện đường giao thông, cũng như chưa có sự quan tâm, đầu tư đúng đắn của các cấp ban ngành địa phương.
Sư thầy Thích Đàm Đam cho biết thêm mấy năm nay, du khách và các nhà nghiên cứu có về đây đông hơn, nhưng dường như họ chỉ tìm câu hỏi “Tại sao chùa Bà Đanh lại vắng?”
Kết hợp du lịch hành hương và văn hoá tâm linh . Với vị thế đẹp, không gian thanh tịnh, chùa Bà Đanh được chính quyền xác định phải trở thành điểm đến của khách thập phương. Việc đưa khu di tích này trở thành khu du lịch đang là vấn đề quan tâm của tỉnh Hà Nam.
Chùa Bà Đanh sẽ là một điểm nhấn quan trọng trong quần thể khu du lịch Tam Trúc Ba Sao, vốn đầu tư gần 2.000 tỷ đồng đang trong giai đoạn thi công và quần thể danh lam thắng cảnh Chùa Hương.
Từ năm 2007, UBND tỉnh Hà Nam đã phối hợp với Bộ Văn hoá Thể thao & Du lịch sửa chữa nhiều hạng mục với tổng kinh phí lên tới gần 16,5 tỷ đồng.
Toàn bộ các hạng mục đã được tôn tạo và nâng cấp nhưng không mất đi kiểu dáng ban đầu. Bên cạnh đó, các tuyến đường dẫn vào chùa đã được làm mới. Cụ thể như hơn 2 km đường đê từ thị trấn Quế đã được đổ bê tông, cây cầu Bắc Sơn nối từ quốc lộ 21B qua sông Đáy sang chùa Bà Đanh.
Đặc biệt trong tháng Chín, nhà chùa khánh thành nhà khách khang trang phục vụ cho khách hành hương.
Ông Lê Văn Đoàn, Trưởng phòng Văn hóa – Thông tin huyện Kim Bảng cho biết: “Huyện đang triển khai kết hợp mô hình giữa du lịch sinh thái và văn hóa tâm linh để tìm lối ra cho di tích lịch sử này. Bên cạnh đó việc quảng bá hình ảnh về chùa Bà Đanh sẽ được UBND huyện đặt lên hàng đầu”.